La reconstruction :
1899 Sélestat, ville allemande depuis 1871, fait don de la ruine à l'empereur Guillaume II le 8 mai. Celui-ci charge l'architecte Bodo Ebhardt de reconstruire le château tel qu'il était à l'époque des Thierstein.
1901 Début des travaux
1908 Le 13 mai, jour de l'achèvement des travaux, la clé symbolique de l'entrée principale du Haut-Koenigsbourg est remise à l'empereur.
1919 Après la Première Guerre mondiale, le Haut-Koenigsbourg redevient français et est inscrit sur la liste des Palais Nationaux.
1940- 1944 Pendant l'occupation de l'Alsace par les Allemands, les collections du musée de Colmar, notamment le célèbre retable d'Issenheim de Matthias Grünewald, mais aussi les tapisseries de la cathédrale de Strasbourg, de l'hôtel de ville et des musées de Strasbourg sont transférés au château pour y être cachés.
1944 Le 28 novembre, les soldats américains occupent le Haut-Koenigsbourg jusqu'à la libération de Colmar.