Les collections regroupées actuellement sous l'administration d'un syndicat mixte (département de l'Allier - Ville de Moulins) ont pour origine des collections départementales, municipales, et des dons de la Société d'émulation du Bourdonnais. Le musée a entrepris, à partir de 1978-80, une politique nouvelle d'acquisitions de peinture réaliste et académique de la 2ème moitié du XIXe.