Les premières collections publiques du musée ont pu être rassemblées après la révolution. L'histoire du musée ne commence en fait qu'avec la Société des Sciences Historiques et Naturelles de l' Yonne, en 1847. Cette Société assura la conservation et l'enrichissement du fonds (acquisitions, legs, donations). Le premier conservateur fut nommé en 1870 et publia le premier catalogue. L'Abbaye restaurée s'avère être le lieu d'accueil idéal pour abriter et présenter l'ensemble de ces collections.