La Société des sciences historiques et naturelles a été fondée en 1842. En 1905, elle décide d' entreprendre des fouilles archéologiques sur le plateau d'Alésia et les lieux environnants et de recueillir en un musée qu'elle établira à Alise les médailles, monnaies, bijoux, statues et objets provenant des fouilles du siège romain d'Alésia (52 av J-C) et de la ville gallo-romaine . Depuis 1972, le musée Alésia conserve le dépôt des collections du petit musée municipal créé en 1865 par Napoléon III.