Le musée est inauguré en 1947 à l'Hôtel des ducs de Bourgogne sous la direction de Georges-Henri Rivière. Il constitue alors une référence pour les musées du même type. Les collections proviennent de l'ancien Musée des métiers bourguignons, des dépôts du Musée des ATP de Paris et de collectes régionales menées par André Lagrange,