L'Académie de Mâcon, fondée en 1801, est à l'origine de la réunion des collections du musée. En 1896, elle acquiert l'Hôtel Sénecé afin d'y exposer ses collections de peintures. A partir de 1960 , des documents et souvenirs retraçant la vie d'Alphonse de Lamartine sont installés dans le musée. Depuis 1990, ces collections sont complétées par les collections municipales.