Créé par l'arrêté consulaire du 1er septembre 1801, le musée fut anéanti par les bombardements du 24 août 1870. Les collections furent reconstituées entre 1889 et 1912 par W. Bode, directeur des musées de Berlin. Il est installé au premier étage du palais Rohan depuis 1898, bâtiment occupé par trois musées.