Les collections du musée évoquent les différentes Compagnies des Indes aux XVIèmes et XVIIIèmes siècles et leurs relations avec l'Afrique, l'Inde, la Chine. Les salles présentent en deux parties la Compagnie des Indes Orientales, la banqueroute du financier Law qui aboutit à la création par le ministre Calonne d'une nouvelle Compagnie des Indes en 1785 et les différents comptoirs français en Inde, en Chine et en Afrique. La deuxième partie du musée évoque la construction navale de la Compagnie des Indes par des maquettes de plusieurs navires avec notamment des salles consacrées aux routes maritimes, à la santé et à l'hygiène à bord des vaisseaux, à la vie à bord et aux marchandises transportées.