Créé en 1850 dans les appartements François Ier, le musée est transféré en 1869 au 1er étage de l'aile Louis XII. Les dons affluent dès 1850. Le musée comprend trois sections : les appartements historiques, les collections de beaux-arts, peintures du XVIème au XIXème siècles et les collections d'archéologie provenant de fouilles régionales.