Avant 1960 : l'ethnographie est intégrée au fonds commun bisontin. En 1963 : la donation Garneret (fonds de son musée paysan privé) complète le fonds muséal. 1948 : nombreux dépôts du musée national des Arts et traditions populaires. 1963-1989 : acquisitions de l'association du folklore comtois et du Fonds régional d'acquisition pour les musées (FRAM). 1990 : acquisitions de la ville de Besançon et du FRAM.