C'est en 1894 que la Faculté de médecine décide de créer "un musée d'ethnographie et d'études coloniales" à l'initiative du doyen Pitres. Cette décision donnait un sens nouveau aux collections constituées grâce d'une part aux dons fondateurs et d'autre part à la concession, en 1900, de collections d'Etat - Musée Guimet de Paris et musée du Trocadéro - autorisée par le ministre de l'Instruction publique, M Leygues. Le musée est resté ouvert de 1901 à 1914. Il a repris progressivement son activité en 1977.