Le musée occupa différents locaux avant son installation définitive dans l'aile du château des Albert. Le rez-de-chaussée est occupé par les résultats des fouilles archéologiques dans le Néracais. A l'étage, s'ajoutent des dépôts de l'Etat ou d'autres musées et quelques acquisitions évoquant l'histoire des Albert et celle de la cour de Navarre dont le futur Henri IV fut le fleuron.